BrainVoyager操作流程

BrainVoyager 操作流程 步骤一：重命名 1． File→Rename DICOM Files 说明：一般文件起名英文，否则排序时可能不成功。

步骤二：转换功能像 1．File→Nnew Pproject 2．Pproject type→选择 functional MRI data set (FMR) 3．describe data (1) select first source file→ 选择你的被试的功能像每个run文件中的第一个文件,例如，liulei_intertemporal choice_s1-0011-0001-00001.dcm (2) skip first N volumes: 1-5 (即要去掉前面的几个TR) 4．Target directory: (即转化的结构像放在什么地方，最好在每个被试的数据下面建一个放分析数据的文件夹，例如，analysis ；
然后在analysis文件下面再建两个文件夹，例如，function 和anatomy，即一个文件夹放功能像的分析数据，另一个文件夹放结构像的分析数据) 因为本步骤是处理的结构像，所以选择function文件夹。

5．点go 6. FMR properties→Verified都要打钩 7．点击上面的“保存”按钮，进行保存。例如，这是我第一个被试的第一个run,则可以保存为 s1_run1 然后重复上面的操做，把这个被试其它run文件的功能像数据进行转化 步骤三：转换结构像 1． File→Nnew Pproject 2. Pproject type→选择 Aanatomical 3D data set (VMR) 3. describe data (1) select first source file→选择你的被试的3d文件中的第一个文件,例如，liulei_intertemporal choice_s1-0017-0001-00001.dcm (2) Number of slices: 176 (结构像扫描的层数，我们这边是176层). 4. Target directory: 因为本步骤是处理的结构像，所以选择anatomy文件夹。

5. 点go 6．Contrast and brightness→ok 7. 进行保存。例如，这是我第一个被试的3d,则可以保存为 s1_3d 8. 点击Yes 9. apply same transformation 前面打钩，点ok. 10．点保存 步骤四：功能像预处理 （每个功能像文件都要预处理，因此打开一个功能像文件，例如，s1_run1.fmr）
1. Analysis→FMR Data Preprocessing 2. 在Preprocessing options中选择进行哪些预处理步骤（已经选择为三项）
3. 点击Advanced,可以精细调整相应参数 （1）
3D motion correction：
1) 头动校正默认方法是Trilinear interpolation, 可以使用Trilinear/sinc interpolation,更慢但是结果更好 2) 点击右侧的option user other FMR for intra-session alignment 打钩，选择转化后的第一个功能像，即 s1_run1.fmr （以后这个被试其它run的预处理都选择这个文件）; align T1 saturated first volume FMR 前面的钩去掉 点0k 4．点击go开始处理 头动参数图每条曲线代表的含义：
红：x轴方向的平移 绿：y轴方向的平移 篮：z轴方向的平移 黄：x轴方向的旋转 红紫：y轴方向的旋转 青：z轴方向的旋转 Y轴刻度代表平移的毫米数或者旋转的度数。Cross scan不超过2.5毫米或者2度 可以右击保存头动的图像。

步骤五：建构实验矩阵 打开一个已经完成的预处理的功能像文件 1．Analysis→Stimulation protocol 2．Experiment name：起一个名字 3．Add：通过add增加你的变量；

Edit name:可以对你的变量进行命名，例如，我的有两个变量，一个是forecd-choice，一个是free-choice。

Edit color：可以设置你的变量的颜色。

4．点击Show plot，点击一个变量（例如，forced-choice），然后随意的选几个长方形的竖条，然后再点击add to PRT; 然后再点击另一个变量（例如，free-choice），然后再选几个长方形的竖条，然后再点击add to PRT. 5. 点击save PRT保存。（例如，如果是第一个run的prt, 则可保存为run1_prt）
注：这个步骤只是做一个PRT的模板，你自己计算出每个被试每个run的PRT后，可以复制这个模板，然后再分别贴上自己的PRT数据即可。

因此，可以做出每个被试每个run的PRT文件了。然后把做出的PRT放在对应的每个被试处理数据的文件里面。

步骤六：单个run检测激活 打开一个预处理的功能像文件（每个预处理的功能像文件都需要进行这一步处理）
1. FMR Properties Referenced protocol (PRT) file 中选择这个预处理的功能像所对应的PRT文件。

2. Analysis→GLM single study；

右键点击第一个变量（例如，forced-choice），点击HRF(实际上就是gamma函数) 然后点击Add pred；
再次右键点击另外一个变量（例如，free-choice），点击HRF；
同理，添加完所有的变量。（注，最后一个变量时，就不用点击add pred了）
保存文件，可以生成一个sdm为后缀的文件。

注：每个预处理的功能像文件都需要进行这一步处理，最后各生成一个sdm为后缀的文件。

步骤七：提取功能像和解剖像的对齐信息 打开一个结构像（例如，s1_3d_ISO.vmr）
1. 点击3D Volume Tools→full dialog→coregistration 2．FMR-VMR coregistration：点击select FMR，选择这个被试第一个run的预处理后的功能像 3. 点击Align→source option→选择use linked AMR→Run IA 4. 再次点击Align→fine-tuning alignment →manual alignment –use current translation and rotation values →run FA 步骤八：结构像转化到标准空间 打开一个结构像（例如，s1_3d_ISO.vmr）
1. 点击3D Volume Tools→full dialog→tailairach 2. 点击Find AC point：找AC点（师兄，这个地方没法说啊，不知你以前看过没有）
3. 点击Find ACPC plane：找PC点 4. 点击tailairach→go 5. Tailairach proportional grid reference points: Tailairach点的选择,设置AC/PC/AP/PP/SP/IP/RP/LP,分别点set point确定。

6. 点击Save TAL 7. 点击ACPC-TAL，选择sinc interpolation, 然后go 步骤九：将功能像和解剖像对齐，空间标准化功能像 打开刚才操作的结构像文件（即，s1_3d_ISO_TAL.vmr）
1. Analysis→create 3d time course VTC file。

2. 在Functional slice-based data file 里选择预处理后的功能文件（每一个预处理后的功能像文件都要重复步骤八）。

3. 点击auto fill, 下面两个框自动填入信息。即两个trf文件 4. 点击第四个brouse，在anatomy文件夹里选择以ACPC.trf结尾的文件 5. 点击第五个brouse, 在anatomy文件夹里选择以.TAL结尾的文件 6． Go 步骤十：组分析 打开结构像文件（即，s1_3d_ISO_TAL.vmr）
1. Analysis→Link 3d time course VTC file 2. 点击brouse,选择第一个run的以vtc结尾的文件。

3. 点击ok 4. Analysis→GLM multi study 5. 点击add to list ,选择vct文件（双击即可），进而选择对应的sdm文件，把想分析的每个被试每个run的都选进去。

6. 点击save保存。

7. 若研究是random model，则将RFX GLM选上。

若不选，程序默认为FIX model. 8. go